Le directeur met en œuvre les orientations et décisions définies par le conseil d'administration en termes de stratégie, de positionnement, de programme de travail et de management du personnel. Il est assisté d'un directeur des études.

Il élabore le programme de travail en relation avec les partenaires de l’Agam et suit sa réalisation. Il organise sa mise en œuvre, sa valorisation et son évaluation. Son rôle d’animation et de coordination vise à optimiser les moyens d’étude et à promouvoir la cohérence et la synergie entre les travaux et la transversalité des projets.

Le secrétariat général est chargé du développement des ressources humaines et de la gestion administrative et financière.

Elle développe des actions de communication vers des publics ciblés suivant la stratégie générale de l'Agam. Elle met en œuvre tout moyen, action, réseau visant à promouvoir le rayonnement de l’agence auprès des partenaires et de décideurs locaux.

Il participe à l'élaboration, au suivi, à l’adaptation permanente des outils et documents réglementaires d’urbanisme sur le territoire d’intervention de l’agence. Il assure aussi une coordination entre les différentes études de l’agence qui y concourent et une "veille" sur l'évolution de la planification en général.

Il collecte, organise et valorise les données statistiques, cartographiques et documentaires, nécessaires à la connaissance des territoires ainsi qu’à l'analyse des phénomènes urbains. Il gère aussi un système d’observation nécessaire pour une aide à la décision.

Il traite des questions relatives à l’environnement et assure une mission de sensibilisation au regard des exigences du développement durable. Il conduit aussi des études en matière de transports urbains et de déplacements à l’échelle de l’agglomération.

Il produit des études à différentes échelles, de grands territoires à l'ilôt, et, notamment, en préalable au lancement d’opérations d’urbanisme. Il intervient également dans le domaine du paysage, sur l'aménagement du littoral et l’insertion urbaine des infrastructures de transport. Il assure enfin la promotion de la qualité urbaine, architecturale et paysagère.

Il remplit une mission d’observation, d’animation et d’expertise, principalement au service des collectivités locales. Ses objectifs : comprendre et favoriser le développement de la métropole marseillaise, alimenter sous l’angle économique la réflexion préalable à la réalisation de documents d’urbanisme.

Il intervient autour des politiques de l'habitat, de la cohésion sociale, des démarches d'observation, en appui aux collectivités et aux acteurs de l'habitat partenaires de l’agence.